为了保护人体健康，防止水致传染病的传播，必须对不锈钢超纯水处理后用于饮用的水中致病微生物加以控制。原则上，热法和膜法两种纯水处理工艺的产水基本都不含有微生物，但是，在超纯水的储存或管网配送中水可能受到二次污染。因此，出于安全考虑，不管是热法还是膜法生产出来的超纯水，都必须进行消毒。超纯水后处理消毒的一般原则类似于饮用水的消毒。
消毒工艺是指将水体中的病原微生物灭活，使之减少到可以接受的程度。人体内致病微生物主要包括病菌、原生动物胞囊、病毒等。
水的消毒方法很多，可大致归纳为物理法和化学法。物理法消毒主要是利用加热、紫外线辐射等物理手段破坏微生物体内的酶系统或DNA进行微生物灭活。但由于成本较高、操作困难、不具备持续杀菌能力等原因在应用上受到了一定限制。化学法是目前使用最广泛、效果最可靠的一种消毒方法。它是通过向水中投加化学药剂破坏微生物细胞壁和体内的酶系统对微生物进行灭活和控制。
理想的消毒剂需要具备的主要特点如下
(1)、不但杀菌效率高，而且具有持续杀菌能力。
消毒剂杀菌只有高效，才能保证在用量有限的条件下短时间内灭活微生物。此外，由于许多微生物具有在环境不适宜的条件下形成芽孢或胞囊的能力，一旦环境改善后会再度萌发和繁殖，因此消毒剂的持续杀菌能力非常重要。
(2)、安全、不产生有毒副产物。
消毒剂用于杀菌的投放浓度必须对人体不产生危害，也不产生其他的有毒副产物。液氯消毒经济、有效、使用方便，有上百年的应用历史。但自20世纪70年代人们发现受污染水源经氯化消毒后会产生三氯甲烷(THMs)等致癌物，对消毒所产生的有毒副产物的评价便引起了人们广泛重视。目前，虽然液氯仍是应用最广泛的一种消毒方法，但其他消毒方法也日益受到重视。
(3)、容易生产，储运方便，成本低廉。
目前用于饮用水消毒最常用的消毒剂是各种形式的氯(如液氯、次氯酸钠等)，因为氯作为消毒剂的效率是公认的，而且氯在消毒过程中在淡化水中产生的消毒副产物的前体浓度也较低。其他的消毒剂如氯胺或二氧化氯可作为次要消毒剂，而臭氧或紫外线照射，可以与氯胺结合使用，以控制微生物在特定情况下的再生长。这些工艺成本相对较高，效果也不是很好，但没有残留效应。
