常见的阀门有截止阀、隔膜阀、闸阀、蝶阀、旋塞阀、球阀等。在制药及生物行业，纯化水设备比较常用的是闸阀、球阀以及隔膜阀。基于纯化水质量风险考虑以及相关法规要求，纯化水设备应当使用卫生级、零死角的阀门，优先选择隔膜阀。
闸阀属于直行程阀门，执行直线性动作，这种阀门多用于小于1MPa的管道。在纯化水制备中，闸阀的密封圈为橡胶，可以减少管道振动和噪声，补偿由温度变化而引起的膨胀和收缩。
球阀属于角行程阀门，可以实现90°旋转动作。几乎没有压力损失，流向可选择，适用于1.6~3MPa的中压管道中。如果设备管道使用酸、碱，阀门需选择衬胶隔膜阀。如果设备管道采用自动控制或者远程控制方式，通常使用气动隔膜阀。无论是衬胶隔膜阀还是气动隔膜阀，均可以在强腐蚀性介质中使用（≤60℃），工作压力低于0.6MPa。
闸阀和球阀均可以控制设备内介质的流动或者停止，起到隔离介质的作用。纯化水设备对阀门有严格的要求，必须确保严密不漏。在使用阀门前，应以1.25倍的工作压力进行水压试验，检查阀门的启动和关闭状态时的灵活程度，检查填料情况确保符合企业用途，检查调料密封处的阀杆的质量确保不被锈蚀、
